Фамилия Крупеник образована от прозвища или ремесленного названия. В её основе лежит слово «крупеник» — так в разных русских говорах называли либо кашу из крупы (чаще всего гречневую или ячневую), либо человека, который её готовил или продавал. Однако есть и вторая, не менее вероятная версия: «крупеником» могли прозвать того, кто занимался изготовлением крупы — то есть работника на крупорушке или мельнике, специализировавшегося на обдирке зерна.

Суффикс -ик в этой фамилии указывает на то, что она возникла не как отчество (в отличие от Крупеников), а как прозвище, которое закрепилось за родом занятий. Такие фамилии на -ик, -ук, -ак характерны для западнорусских и украинских земель, но встречаются и в центральной России. В украинском языке слово «крупеник» также известно — им называли вареник с крупой или пирог с кашей, что добавляет ещё один кулинарный оттенок к возможному происхождению.

С точки зрения социального контекста, носитель фамилии Крупеник вряд ли принадлежал к высшим сословиям. Скорее всего, это крестьянин или ремесленник, чья профессия была на виду — пекарь, кашевар, мельник или торговец крупой. В XIX веке фамилия фиксируется преимущественно на территории современных Беларуси, Смоленской и Брянской областей, а также в Черниговской губернии.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии к группе «профессиональных» и отмечает их распространённость в тех регионах, где было развито мукомольное дело и торговля зерном. Споров о значении корня почти нет — все версии сходятся к крупе как исходному продукту. Разница лишь в том, кого именно так называли: того, кто делал крупу, или того, кто из неё готовил. Оба варианта правдоподобны, и в разных семьях фамилия могла возникнуть независимо по разным причинам.