Фамилия Крупышев — один из тех случаев, когда даже редкая основа не скрывает прозрачной этимологии. В её центре лежит слово «круп» или «крупа», но не в значении «гречка» или «рис», а в более древнем смысле. В русских говорах «крупой» называли не только зерно, но и мелкий град, крупный песок, а также осадок, гущу. Однако главное значение, которое породило прозвище, — это, скорее всего, «крупа» как символ чего-то мелкого, дроблёного, рассыпчатого. Человека могли прозвать Крупой или Крупой за мелкое телосложение, за россыпь веснушек на лице, за дробную, быструю речь или за характер — «рассыпчатый», несерьёзный.

Суффикс -ышев в этой фамилии заслуживает отдельного внимания. В русской антропонимии он нетипичен. Обычная модель образования от прозвища Крупа — это Крупин (суффикс принадлежности -ин) или Крупов (суффикс -ов). Форма Крупышев явно происходит не напрямую от «крупа», а от уменьшительно-уничижительной формы Крупыш. Такие формы с суффиксом -ыш (сравните: малыш, голыш, крепыш) в прозвищах нередко имели ироничный или ласкательный оттенок. Крупыш — это «маленькая крупинка», то есть очень мелкий, щуплый человек, либо, напротив, человек, которого в насмешку называли «крупным» (по принципу антифразиса). Таким образом, Крупышев означает «сын (или потомок) Крупыша».

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным русским областям. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного прозвища в конкретной деревне или волости. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с фамилией Крупышев в Вятском крае и на Урале, что косвенно подтверждает связь с земледельческой средой: прозвище от «крупы» естественно возникло именно в крестьянском быту, где зерно и его обработка были повседневной реальностью. В отличие от более «дворянских» фамилий на -ский, Крупышев — это типичная фамилия простонародья, закрепившаяся в эпоху массового присвоения фамилий после отмены крепостного права.

Интересно, что фамилия Крупышев не имеет отношения к «крупному» размеру, как могло бы показаться на первый взгляд. Напротив, её основа указывает на малость, дробность. Это хороший пример того, как народная этимология (желание видеть в фамилии «крупный, большой») расходится с реальным словообразованием: суффикс -ыш недвусмысленно отсылает к уменьшительному, а не увеличительному значению.