Фамилия Крууз — одна из тех, что сразу выдают балтийское или финно-угорское происхождение. В русском ономастиконе её нет, зато она встречается у эстонцев и у потомков остзейских немцев. В основе, скорее всего, лежит эстонское слово kruus, но у него два совершенно разных значения, и каждое ведёт к своей версии прозвища.

Первое значение kruus — «гравий», «галька». Если отталкиваться от него, прозвище могли дать человеку, который жил на берегу реки или озера, на гравийном карьере, либо добывал или возил этот материал. Это типичный топографический признак, когда человека называли по месту жительства или работы. Второе значение — «кружка». Здесь прозвище могло указывать на ремесло: гончара, торговца посудой, или же, как это часто бывает в народной этимологии, просто на любителя выпить. Оба варианта равноправны, и без архивных записей по конкретной ветви выбрать один невозможно.

С эстонским корнем конкурирует немецкая версия. Фамилия Крууз могла возникнуть и от немецкого Kruse — «кувшин». В таком случае предок занимался изготовлением или продажей кувшинов. Это объяснение лежит в той же «посудной» плоскости, что и эстонское kruus. Менее вероятно, но стоит упомянуть и связь со старонемецким krūs, то есть «кучерявый». Тогда прозвище относилось к внешности — обладателю кудрявых волос. Эта версия слабее, потому что в немецких фамилиях корень Kruse в значении «кудри» встречается реже, чем в значении «сосуд», и обычно даёт другие формы (Krause, Kraus).

С точки зрения словообразования фамилия Крууз — это чистая основа, без русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Такая модель характерна для эстонских и латышских фамилий, которые в XIX веке часто записывались в документах без дополнительных окончаний. Если бы фамилия попала в русскую среду раньше, она, скорее всего, превратилась бы в Круузов или Круузин, но этого не произошло — значит, носители сохраняли исходное написание.