Фамилия Кряжекова — женская форма мужской фамилии Кряжеков, и её разбор стоит начать с неочевидного суффикса. В русских фамилиях редко встречается суффикс -еков, который обычно возникает при переоформлении прозвища или имени, оканчивающегося на -ека. Скорее всего, в основе лежит прозвище Кряжек, которое образовано от слова «кряж» с помощью уменьшительного или уничижительного суффикса -ек.

Слово «кряж» в русских говорах многозначно. В центральных и северных областях так называли невысокую гору, холм, гряду, а также крепкий лес, пригодный для строительства. Но в переносном смысле «кряж» — это коренастый, плотный, крепкий человек, «кряжистый». Прозвище Кряжек мог получить либо человек невысокого роста, но широкоплечий и сильный, либо тот, кто жил у лесного кряжа или на возвышенности. В документах XVII века, например, встречаются крестьяне с прозвищем Кряж — без уменьшительного суффикса, что подтверждает живую традицию таких именований.

Суффикс -ек в прозвище Кряжек мог придавать оттенок либо ласкательности (маленький крепыш), либо, наоборот, пренебрежительности (кряжистый, но недоросль). В любом случае фамилия Кряжеков — отчество второго порядка: сначала отца назвали Кряжеком (сын Кряжека), а потом его детей записали как Кряжековы. Географически фамилия тяготеет к северным и волжским областям — Архангельской, Вологодской, Костромской, где слово «кряж» в значении «лесистый холм» было особенно употребительно.

В отличие от более распространённой фамилии Кряжев (от того же корня, но с суффиксом -ев), форма Кряжеков встречается реже и указывает на более конкретное прозвище, а не на прямое отчество от «кряж». По сословной принадлежности носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — дворянские роды с такой основой в исторических списках не зафиксированы.