Фамилия Крылепова хранит память о происхождении человека, и её объяснение не лежит на поверхности. В русской ономастике есть несколько версий её образования, и все они связаны с церковной или духовной средой.

Самая прямая версия ведёт к прозвищу Крылеп. Так могли называть крылошанина — человека, который пел на клиросе (крылосе), то есть на возвышении перед иконостасом, где стояли певчие. В старину крылошанами называли не только певчих, но и вообще церковнослужителей, а в монастырях — бельцов и беличек (не монахов). Иногда так именовали богоносцев, которые несли иконы во время крестных ходов. Прозвище Крылеп закрепилось за человеком, чья жизнь была тесно связана с храмом, и со временем дало фамилию Крылеповы.

Другая гипотеза предполагает, что фамилия Крылепова — семинарская. В духовных семинариях учащимся нередко давали «говорящие» фамилии, образованные от возвышенных понятий. Основа «крыло» символизировала взлет ввысь, к небесам — не случайно ангелов всегда изображали с крыльями. Такая фамилия могла быть присвоена воспитаннику как знак его устремлённости к духовному совершенству. Эта версия объясняет и необычный суффикс: в русских фамилиях редко встречается сочетание «-леп-», что как раз характерно для искусственных, книжных образований.

Нельзя исключать и вероятность ошибки при переписи. Фамилия Крылепова могла возникнуть как искажённый вариант фамилии Прилепов (или Прылепов). При беглом произношении или неразборчивом почерке писарь мог легко записать услышанное на свой лад, и «Прилепов» превратился в «Крылепова».

Из архивных документов известно, что носители этой фамилии жили на Дальнем Востоке. В Базе данных Приморского края записана Крылепова Мария Васильевна, родившаяся в 1887 году во Владивостоке. Это говорит о том, что к концу XIX века фамилия уже прочно обосновалась в разных уголках Российской империи.