Фамилия Крышанин — редкий пример, когда прозвище не просто дали человеку, а сразу оформили в фамилию с помощью суффикса -анин. В русской ономастике этот суффикс чаще встречается в названиях жителей мест (москвич, тверитянин), но в фамилиях он работает иначе: он превращает прозвище в обозначение человека по характерному признаку или занятию. Основа здесь — «крыша», и первое, что приходит на ум, — кровельщик, мастер по настилу крыш. В старые времена это было востребованное ремесло, и прозвище Крыша (или Крышник) могло закрепиться за тем, кто этим зарабатывал. Суффикс -анин в таком случае значит «принадлежащий к делу крыши» или «человек от крыши».

Менее очевидная, но правдоподобная версия — топонимическая. В говорах «крыша» иногда означала не только кровлю, но и верхнюю часть чего-либо, возвышенность. Человека, жившего на холме или у края оврага, могли прозвать Крышанином — «жителем верха». Однако прямых географических названий с таким корнем в русских землях почти не сохранилось, поэтому версия с ремеслом выглядит крепче.

С точки зрения словообразования, фамилия Крышанин — это полное прозвище в именительном падеже, без патронимического суффикса -ов или -ин. Такие фамилии (вроде Дворянин, Селянин, Горожанин) встречаются редко и обычно указывают на то, что прозвище закрепилось за человеком как кличка, а не через отчество. В сословном плане носители могли быть как крестьянами (кровельщики в деревнях), так и посадскими людьми (городские мастера). Точных данных о сословной принадлежности по этой фамилии нет, но сам суффикс не указывает на дворянство или духовенство — скорее на простое ремесленное или крестьянское происхождение.

В современной России фамилия Крышанин встречается редко, в основном в центральных и северных областях, где сохранились архаичные модели прозвищ. Похожие фамилии — Крышкин, Крышов — более часты, но Крышанин стоит особняком именно из-за своей словообразовательной формы, которая выдает прозвище, данное по делу или месту, а не по отцу.