Фамилия Крышун — редкий случай в русской ономастике, где за основу взято, скорее всего, не ремесло и не имя, а прозвище, связанное с внешностью или манерой поведения. Корень здесь — «крыс» или «крыш», что сразу отсылает к животному. В старых русских говорах «крышун» могли назвать человека, который внешне или повадками напоминал крысу: суетливого, юркого, с мелкими чертами лица или нечистоплотного. Прозвища по животным были обычным делом — они давались метко и не всегда обидно, часто с долей иронии.

Словообразовательная модель проста: основа «крыш-» плюс суффикс «-ун». Этот суффикс в русском языке образует названия лиц по характерному действию или свойству (например, «бегун», «крикун», «ворчун»). То есть «Крышун» — это «тот, кто похож на крысу» или «тот, кто делает что-то, связанное с крысой». В некоторых диалектах существовал глагол «крысить» — воровать по мелочи, тайком, поэтому прозвище могло закрепиться за нечистым на руку человеком. Версия с «крышей» (кровлей) маловероятна: для кровельщика в русском языке есть «кровельщик» и «крышник», а суффикс «-ун» для ремесла нехарактерен.

Фамилия Крышун — типично восточнославянская, но географически узкая. Она почти не встречается за пределами Украины и юга России, особенно в Черниговской, Полтавской и Курской областях. Это говорит о том, что прозвище возникло в местном говоре и не распространилось широко. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища могли фиксироваться как «Крышун» или «Крышуненко» (с украинским патронимическим суффиксом), но фамилия в современном виде закрепилась без дополнительных суффиксов, что указывает на её прозвищное происхождение — её не переделали в «Крышунов» или «Крышунин».

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или казакам. В среде дворянства и духовенства прозвища с таким корнем не приживались из-за явного сниженного оттенка. Встречается вариант написания «Крышун» и «Крышунь» (с мягким знаком на конце), что характерно для украинской фонетики. Если вы носите эту фамилию, ваш предок, вероятно, был человеком с острым языком и заметной внешностью — прозвище давали не за абстрактные заслуги, а за конкретную черту, которая бросалась в глаза окружающим.