Фамилия Ксениди — яркий образец греческой модели русских фамилий, и её разумнее всего начинать разбирать с суффикса. Окончание -ди (реже -иди) — это типичный патронимический суффикс в новогреческом языке, аналог русского -ов/-ев или армянского -ян. Он означает «сын» или «потомок». Так что Ксениди в буквальном переводе — «сын Ксениса», «из рода Ксениса».

Основа фамилии — мужское имя Ксенис (Ξένης). В свою очередь, это имя восходит к греческому слову ξένος (ксенос) — «чужой», «чужеземец», «гость». В античности и в византийскую эпоху так могли называть пришлого человека, иностранца, а в христианской традиции имя приобрело оттенок «странник» или «гостеприимный» (вспомним «филоксения» — любовь к чужеземцам). Поэтому предок носителя фамилии мог быть либо греком, которого в своё время прозвали «чужеземцем» (возможно, за переселение из другого региона), либо его имя было дано по церковному календарю — в православных святцах есть святой Ксенис (Ксенофонт), но имя Ксенис могло быть и уменьшительной формой от Ксенофонта.

Географически фамилия Ксениди распространена в среде понтийских греков — выходцев с побережья Чёрного моря (историческая область Понт). Именно у понтийцев суффикс -ди особенно частотен. В Российскую империю такие фамилии попали в основном во время массовых переселений греков в XIX — начале XX века, особенно после русско-турецких войн. Поэтому носители фамилии Ксениди в России, Украине и странах бывшего СССР — это, скорее всего, потомки греческих колонистов, которые осели в Причерноморье, на Кубани, в Крыму или в Мариупольском уезде.

С точки зрения словообразования, фамилия не претерпела русификации: она сохранила исконное греческое окончание, не обрастая русскими суффиксами. Это отличает её, например, от фамилии Ксенофонтов, которая образована от того же корня, но уже по русской модели. Ксениди — редкий случай, когда фамилия не адаптировалась под славянскую грамматику, а осталась «иностранным» паспортом рода. Никаких сословных указаний в ней нет: греческие фамилии на -ди носили и крестьяне, и купцы, и священники.