Фамилия Ксенишин — редкий случай, когда в основе лежит не каноническое имя, а народная форма. Её ядро — «Ксеня»: это неофициальный, бытовой вариант имени Ксения. В русской традиции такие усечённые имена (Ксеня, Ксюша, Оксана) часто становились базой для фамилий, но суффикс «-шин» указывает на конкретную модель образования.

Суффикс «-шин» (фонетический вариант «-ин» после шипящих) — признак притяжательного прилагательного. Фамилия Ксенишин буквально значит «чей?» — «сын Ксени» или «потомок Ксени». Но здесь есть важная деталь: в русской ономастике фамилии на «-шин» нередко образовывались от прозвищ или имён, оканчивающихся на «-ша» (Гриша — Гришин, Саша — Сашин). «Ксеня» даёт форму «Ксенин» (как «Мамин» от «Мама»), но «Ксенишин» — это уже от «Ксеня» с наращением «-ш-». Такая модель встречается у фамилий, где основа заканчивалась на мягкий согласный: «Ксеня» — «Ксенишин» по аналогии с «Федя — Федишин» или «Ваня — Ванишин».

Кем мог быть предок? Скорее всего, в основе лежит не мужское, а женское имя. В крестьянской среде фамилии по матери (матринимы) давали, если женщина была вдовой или играла ключевую роль в хозяйстве. Фамилия Ксенишин могла закрепиться за детьми женщины по имени Ксеня (Ксения). Географически такие формы чаще встречаются в западных регионах России, в Беларуси и на Украине — там суффикс «-шин» в матринимах более распространён, чем в центральных областях.

Есть и альтернативная версия: Ксенишин могло образоваться от мужского имени Ксений (редкая форма, производная от Ксения). Но она менее вероятна: имя Ксений почти не встречается в святцах, а как прозвище — крайне редко. Поэтому версия с женским именем — основная.

Фамилия очень редкая. Поиск по современным базам показывает единичные случаи в России и на Украине. Это типично для фамилий, не связанных с крупными сословиями или известными родами: они остались локальными, часто в пределах одной деревни или волости.