Фамилия Ксенженко образована от прозвища Ксенз, которое восходит к слову «ксёндз» — польскому обозначению католического священника. Это типичное «профессиональное» именование: предок носителя фамилии, скорее всего, служил ксёндзом либо состоял при костёле. На территориях, где польское влияние было сильным (западные и юго-западные земли Российской империи, современная Беларусь и Украина), такие прозвища давали не только самому священнику, но и его работникам или даже человеку, который внешне или по поведению напоминал ксёндза.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». В данном случае он присоединился к прозвищу Ксенз, указывая на принадлежность к роду: Ксенженко буквально — «сын Ксенза». Со временем прозвище, закрепившись за семьёй, вытеснило прежнее наследственное имя и перешло в официальные документы. Такая модель словообразования характерна для фамилий, возникших в XVI–XVIII веках на землях Речи Посполитой.

Интересно, что в русском языке слово «ксёндз» долгое время воспринималось как чужое и даже слегка ироничное, поэтому фамилия Ксенженко могла нести оттенок «чужой веры» или «западного происхождения». Встречаются и варианты написания — Ксензенко, Ксенжёнко, — но исходная форма с «ж» сохраняет мягкость польского произношения [ś]. Географически фамилия сосредоточена в западных областях Украины и среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ксензов, Ксендзов, Ксенжевский. Все они отталкиваются от того же корня, но различаются суффиксами и ареалом: Ксензов — русская адаптация, Ксенжевский — шляхетская форма с польским -ский. Ксенженко же стоит особняком как самая массовая украинская версия, указывающая на простое, часто сельское происхождение носителя.