Фамилия Ксенженков — редкий случай, когда географическое происхождение просматривается почти наверняка, а вот с корнем слова всё сложнее. Основа фамилии — Ксенж-, и здесь ключевой момент: перед нами южнорусский или украинский вариант произношения слова «ксёндз» (польск. ksiądz — священник). В польском языке «ксёндз» означает католического священника, а на землях бывшей Речи Посполитой, особенно на Украине и в Белоруссии, это слово вошло в обиход и стало основой для прозвищ. Человек, которого прозвали Ксенж (или Ксендз), мог быть либо сам священником, либо его сыном, либо человеком, работавшим при костёле. Примечательно, что в фамилии сохранился носовой звук «ен» (как в польском «księdz»), который в русской записи передали как «жен». Это указывает на то, что фамилия оформлялась уже на русской почве, но носители говорили с заметным польским или западнорусским акцентом.

Суффикс -енков — типичный для восточноукраинских и южнорусских фамилий (ср. Коваленков, Гончаренков). Он образован по модели отчества: Ксенженко (сын Ксенжа) + -в, то есть «сын Ксенженка». Фактически это двойное отчество: сначала к прозвищу Ксенж добавили уменьшительный суффикс -енк- (как в украинских фамилиях на -енко), а потом «обрусели» окончанием -ов. Такая форма характерна для регионов, где украинское население постепенно входило в состав Российской империи, и фамилии адаптировались под русскую бюрократическую норму. Скорее всего, предки Ксенженковых жили на границе современных Курской, Белгородской или Воронежской областей, либо на Полтавщине или Черниговщине, откуда позже переселились в центральную Россию.

Есть и другая, менее вероятная версия: что основа Ксенж- восходит не к «ксёндзу», а к личному имени Ксенофонт (в просторечии Ксеня), но тогда ожидалась бы форма Ксененков или Ксенов. Сочетание «ж» в корне твёрдо указывает на польское происхождение слова. Таким образом, Ксенженков — фамилия не просто «поповская», а маркирующая конфессиональную границу: предок, скорее всего, имел отношение к католическому духовенству или к польской администрации, но впоследствии его потомки обрусели и утратили связь с первоначальным значением. Фамилия редкая, в исторических документах почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одном-двух сёлах.