Фамилия Кубагишев — редкая и с трудом поддающаяся однозначной этимологии. Её основа «Кубагиш» не встречается в распространённых славянских именословах, что указывает на тюркское или, с большой вероятностью, кавказское происхождение. Суффикс -ев указывает на модель образования от мужского имени или прозвища, характерную для русифицированных фамилий народов Поволжья, Северного Кавказа и Закавказья.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским корнем «куба» — «бледный», «светлый», «белокурый» или «сивый» (масть лошади). Второй компонент «-гиш» может быть аффиксом, образующим имя-прозвище. В таком случае Кубагиш — это человек со светлыми волосами или светлой кожей, что для южных народов было отличительной чертой. Альтернативно, «куба» могло означать «счастье» или «удача» в некоторых тюркских языках, но эта версия менее обоснована, так как имя Куба (Кубай) в значении «светлый» зафиксировано у татар и башкир.

Нельзя исключать и кавказский след. В дагестанских языках (кумыкском, лакском) есть корни, которые при русификации могли дать форму «Кубагишев». Например, «къуба» — «серый» или «седой», а «гиш» — суффикс принадлежности. Фамилия могла образоваться от арабского имени Кубайш (уменьшительная форма от Кубайс — «маленький кувшинчик»), но под влиянием местного произношения превратиться в Кубагиш. Спорных версий много, но все они сходятся в одном: фамилия не славянская и не еврейская, а принадлежит к пласту фамилий, возникших при контакте тюркских и кавказских народов с русской административной системой в XIX—XX веках.

Географически фамилия Кубагишев тяготеет к Северному Кавказу и Поволжью. Встречается среди кумыков, ногайцев, татар и азербайджанцев. Известных исторических личностей с такой фамилией в открытых источниках нет — это редкая фамилия, сохранившаяся в основном в сельской местности. Социально предки Кубагишевых, скорее всего, были крестьянами или скотоводами, получившими фамилию при переписях по отцовскому имени или прозвищу. Ударение, судя по типичной модели, падает на второй слог: Куба́гишев.