Фамилия Кубагушева — редкий пример, где географический и этнический след перевешивает прозрачную этимологию. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, и её стоит разбирать не через русские суффиксы, а через основу, которая указывает на место или прозвище.

Основа «Кубагуш» (или «Кубагу́ш») с высокой вероятностью восходит к тюркскому слову «куба» — «бледно-жёлтый», «светлый», «сивый» (масть лошади, цвет волос). Второй элемент «-гуш» может быть уменьшительным или образным аффиксом. В таком случае Кубагуш — прозвище человека со светлыми волосами или, по тюркской традиции, по цвету коня. Суффикс «-ева» — русский патронимический показатель, который добавили при оформлении фамилии по русской модели, типичной для татарских, башкирских и других тюркских фамилий в XIX–XX веках.

Главная особенность фамилии — её региональная привязка. Фамилия Кубагушев (и женская форма Кубагушева) встречается почти исключительно среди башкир и татар, в частности в Башкортостане и Челябинской области. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, вероятно, был из башкирского или татарского рода, где прозвище Кубагуш закрепилось за основателем семьи. В документах переписей XVIII–XIX веков такие прозвища часто фиксировались как личные имена, которые потом перешли в фамилии.

Менее вероятна, но возможна версия, что «Кубагуш» — топоним: название деревни или урочища. В таком случае фамилия могла образоваться от названия места, где жил человек (например, выходец из Кубагушево). Но подтвердить это трудно — в открытых источниках такой населённый пункт не зафиксирован, что делает прозвищную версию более надёжной.

Фамилия не входит в число распространённых, и её носители в основном сосредоточены в пределах исторического расселения башкир и татар. Сословно предки Кубагушевых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми людьми (например, казаками или тептярями). Дворянских корней у фамилии нет.