Фамилия Кубагушев — редкий случай, когда географическая привязка говорит едва ли не больше, чем разбор корня. Её носители почти поголовно встречаются в Башкортостане и соседних регионах Урало-Поволжья, и это не случайно. Фамилия тюркская, башкирская по происхождению, и образована по русской патронимической модели — при помощи суффикса -ев, который присоединили к тюркскому имени или прозвищу Кубагуш.

Основа Кубагуш, скорее всего, сложная: она состоит из двух частей. Первая часть — «куба» — в тюркских языках означает «бледно-жёлтый», «светлый», «сивый» (масть лошади), а также может указывать на цвет волос или кожи. Вторая часть — «гуш» (или «кюш») — переводится как «птица». Таким образом, Кубагуш — это «светлая птица», «сивый сокол» или «птенец светлой масти». В башкирской антропонимии такие составные прозвища были обычным делом: они давались либо по внешнему признаку (светловолосый, как птица), либо как тотемное имя-оберег.

Менее вероятна, но возможна версия, что Кубагуш — это искажённое от арабского имени Кубаш (уменьшительная форма от «куб» — «купол», «возвышение») с добавлением тюркского уменьшительного аффикса. Однако башкирская среда бытования и прозрачная семантика «светлой птицы» делают первую версию основной.

По суффиксу -ев понятно, что фамилия оформилась уже после вхождения Башкирии в состав Русского государства, когда местное население начало получать фамилии по русскому образцу. Предок носителя фамилии, вероятно, был известен под прозвищем Кубагуш — либо из-за светлых волос, либо из-за охотничьих навыков, либо из-за тотемного имени. Сословно это могли быть как тептяри или башкиры-вотчинники, так и ясачные крестьяне — фамилия не указывает на аристократическое происхождение, но и не говорит о низком статусе.

В отличие от многих тюркских фамилий на -ов/-ев, которые в русской записи часто теряют гласные или меняют ударение, Кубагушев сохранил исходную форму почти без искажений. Это косвенно указывает на то, что фамилия закрепилась относительно поздно, в XIX — начале XX века, когда письменная фиксация уже была более точной.