Фамилия Куберников — редкая и неочевидная с первого взгляда. В ней сразу бросается в глаза суффикс -ов, указывающий на типичную модель русской фамилии: «чей?» — Куберников, то есть сын или потомок Куберника. Основа Куберник — ключ к разгадке.

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем или профессией. Слово «кубер» в русских говорах, особенно в южных и западных регионах, имело значение «кувшин», «горшок» или «крынка». Соответственно, Куберник — это мастер, делавший кувшины и глиняную посуду, то есть гончар. Суффикс -ник в прозвищах часто обозначал человека по роду занятий (ср. сапожник, плотник, печник). Таким образом, предок носителя фамилии мог быть гончаром или торговцем глиняной посудой.

Менее распространённая, но допустимая версия — от немецкого или еврейского корня. В немецком языке «Kuber» (от «Kübel») означает «бадья» или «ушат», а «Kuberer» — человек, изготавливающий такие ёмкости (бондарь). В этом случае фамилия могла появиться у переселенцев из немецких колоний или у еврейских ремесленников, адаптировавших фамилию под русское окончание.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где были сильны гончарные промыслы, а также к регионам с историческими немецкими поселениями. Сословного барьера у неё не было: гончарство — ремесло, которым занимались и крестьяне, и мещане, и казаки. Поэтому Куберниковы могли принадлежать к разным слоям населения, но объединяло их одно — род занятий, связанный с глиной и посудой.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Кубéрников. Это созвучно с более известными фамилиями Кубеев, Кубецкий, но именно суффикс -ник делает её редкой и профессионально окрашенной.