Фамилия Кубирка — редкая и нестандартная. Её модель образования сразу бросается в глаза: суффикс -к(а) в русских фамилиях обычно указывает на украинское или белорусское происхождение (сравните: Шевченко, Головко, но с окончанием -а — как у Кубирки). В польской традиции фамилии на -ка тоже распространены, но там чаще встречается мужская форма без окончания (Кубирка, а не Кубирек). Поэтому первая версия: фамилия украинская или западнорусская, образованная от прозвища или имени.

Основа «Кубир» — тёмная. Самый прямой путь: прозвище от диалектного слова «кубир» или «кубыр». В южнорусских и украинских говорах «кубырка» — это кувырок, переворот через голову. Человека могли прозвать Кубиркой за непоседливость, склонность кувыркаться в детстве, или за то, что он работал с переворачиванием чего-либо (например, бочек или снопов). Вторая версия, менее вероятная, но возможная: искажённое «кубарь» — волчок, игрушка. Прозвище могли дать вертлявому, крутящемуся человеку.

С точки зрения ономастики, фамилии на -ка часто фиксировали прозвища, а не крестильные имена. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели описаны как характерные для восточнославянского ареала, особенно для Левобережной Украины и юга России. Если бы фамилия была от имени Куприян (сокращение Купря), то форма была бы Куприн или Куприенко, а не Кубирка — звуковой переход «пр» в «бр» маловероятен.

Региональная привязка фамилии не изучена, но по косвенным данным — единичные носители встречаются в Беларуси и на Смоленщине. Социальный контекст: фамилия явно не дворянская и не духовная (там преобладают -ский/-цкий или семинарские латинизированные формы). Кубирка — фамилия крестьянская или казачья, закрепившаяся за одним родом в конкретной местности. В переписях XIX века такую фамилию могли записать по прозвищу, которое со временем стало наследственным.