Фамилия Кубнева — женская форма, мужская — Кубнев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Кубень. Слово «кубень» в русских говорах имело несколько значений: так называли деревянный сосуд, кадку, а также — в ряде областей — неуклюжего, неповоротливого человека. Скорее всего, прозвище дали по внешности или походке, а не по профессии бондаря, иначе возникла бы фамилия Кубенников или Бондарев.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или -ь. В данном случае: Кубень → Кубнев. Это типичный патроним (или отпрозвищное имя) второй ступени: сын Кубня, то есть человека по прозвищу Кубень.

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где были распространены говоры со словом «кубень». В документах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем, но массового распространения фамилия не получила.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с топонимом Кубня (река в Татарстане и Чувашии, а также посёлок Кубня). В таком случае фамилия могла возникнуть у переселенца с этих мест, но славянская модель образования (суффикс -ев) указывает скорее на прозвищное происхождение, чем на географическое. Для тюркских фамилий типичны другие суффиксы (-ов с твёрдой основой, -ин). Поэтому версия с ремеслом или внешностью выглядит убедительнее.