Фамилия Кубякин — пример того, как простое прозвище, данное по внешности, закрепилось в роду и дошло до наших дней. В её основе лежит древнерусское слово «кубяка» — так в старину называли человека с крупным, мясистым носом, а иногда и просто толстяка или неуклюжего увальня. Слово это, скорее всего, тюркского происхождения (сравните с татарским «күбәк» — пена, накипь, или «кубак» — пузырь, вздутие), но в русских говорах оно прижилось именно с пренебрежительным оттенком. Корень тот же, что и в диалектном глаголе «кубякать» — говорить невнятно, бормотать, что тоже могло стать поводом для прозвища.

Модель образования типична для центральной России: суффикс -ин указывает на принадлежность — «сын Кубяки». Такая форма чаще встречалась в северных и восточных землях (Владимирская, Костромская, Вятская губернии), где -ин был основным патронимическим суффиксом, в отличие от южных -ов/-ев. Это не дворянская фамилия, а крестьянская или посадская: прозвища по телесным недостаткам или смешным чертам давали людям из низших сословий, и фамилия закреплялась за их потомками без изменений.

Споров о происхождении немного. Альтернативная версия — от имени Кубяк, которое могло быть тюркским именем или прозвищем (встречается у ногайцев и башкир). Но в русской среде она маловероятна: фамилия Кубякин фиксируется в переписях XVII–XVIII веков именно в русских уездах, а не в татарских. Например, в писцовых книгах Арзамасского уезда 1620-х годов упоминается крестьянин Кубяка, от которого пошли Кубякины. Географически фамилия не слишком распространена — её очаги находятся в Нижегородской, Кировской и Ульяновской областях, что подтверждает её корни в Поволжье.

Стоит заметить, что в некоторых говорах «кубякой» называли также вид старой женской одежды — телогрею на меху. Если прозвище дали портному или торговцу такой одеждой, это ещё одна, хотя и менее вероятная, версия. Однако основная линия остаётся антропонимической: Кубякин — это «внук Кубяки», человека, которого окружающие запомнили по какой-то заметной особенности, скорее всего, по носу или комплекции.