Фамилия Кубакин образована от прозвища или нецерковного имени Кубака. В русских говорах «кубака» — это кувшин, жбан, а также прозвище плотного, коренастого человека, напоминающего формой посудину. Такие прозвища по внешности — один из самых древних пластов русских фамилий; они давались наглядно и запоминались легко. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «кубака» в значении «зяблик» — тогда прозвище относилось к человеку с птичьими повадками или маленькому ростом.

Словообразовательная модель проста: к основе Кубак- добавлен типичный русский суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин указывает на прямое родство: Кубакин — «сын Кубаки» или «человек из семьи Кубаки». Это одна из самых распространённых моделей в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов, особенно в Новгородской, Вологодской, Архангельской губерниях. Географически фамилия Кубакин действительно тяготеет к северо-западу и северу: наибольшая плотность носителей фиксируется в Вологодской и Архангельской областях, а также в Поволжье, куда она могла попасть с переселенцами.

Редкий для русских фамилий корень кубак- не следует путать с тюркскими основами (например, Куба — «бледный, светлый»). В данном случае слово чисто славянское, бытовое, без восточных заимствований. В старых переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с именем Кубака — например, в писцовых книгах Белозерского уезда упомянут Кубака Иванов, что подтверждает исконно русское бытование прозвища.

Сословно фамилия Кубакин, скорее всего, крестьянская или посадская: прозвище по внешности или предмету обихода не характерно для дворянских родов, которые чаще брали фамилии от географических названий или церковных имён. В XIX веке носители фамилии записаны в основном среди государственных крестьян и мещан северных губерний. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что типично для массовой фамилии из простонародья.

Таким образом, Кубакин — фамилия, прямо говорящая о предке по прозвищу, понятному каждому в его окружении: либо «кувшин» по фигуре, либо «зяблик» по повадке. Короткая, без дополнительных приставок и суффиксов, она хорошо сохранила исходное слово, не изменив его за столетия.