Фамилия Кубакаева — женская форма, образованная от мужской фамилии Кубакаев, которая, в свою очередь, восходит к тюркскому имени Кубакай. Это имя составное: корень «куб» (или «куба») в тюркских языках часто означает «бледный», «светлый», «седой», а уменьшительно-ласкательный суффикс «-кай» придаёт имени оттенок нежности или принадлежности. Таким образом, Кубакай — это, вероятно, ласковое прозвище светловолосого или седого человека. Встречается также версия, что основа связана с тюркским словом «куба» — «лебедь», но это менее вероятно, так как в антропонимике цветовые характеристики встречаются чаще.

Фамилия имеет ярко выраженную региональную привязку. Она распространена среди башкир, татар и других тюркских народов Поволжья и Урала. В Башкортостане встречается в селах, где исторически жили башкиры-вотчинники, а также в среде казанских татар. Написание с окончанием «-аева» (а не «-ова») — характерный признак фамилий, образованных от имён на «-ай»: Кубакай → Кубакаев. Такая модель типична для тюркской ономастики, где суффикс «-ев» присоединяется к основе, заканчивающейся на гласный.

В отличие от многих русских фамилий, Кубакаева не могла возникнуть как «фамилия крестьянина по отцу» в центральных губерниях — её носители, скорее всего, происходят из среды башкирских или татарских служилых людей, которые в XVII–XVIII веках получали фамилии по имени предка. Интересно, что в документах XIX века фамилия могла записываться и как «Кубакаев», и как «Кубакаева» (для женщин), причём ударение в ней, по правилам башкирского языка, падает на последний слог — Кубака́ев.

Споров о происхождении немного: корень прозрачен, а ареал бытования узок. Единственная альтернативная гипотеза — связь с калмыцким «кубак» (вид посуды) — не выдерживает критики, так как суффикс «-кай» в этом случае необъясним. Так что фамилия Кубакаева — это классический пример тюркского отчества, застывшего в форме русской фамилии и сохранившего память о предке по имени Кубакай.