Фамилия Кубакаев — редкий случай, когда географическая привязка оказывается точнее лингвистического разбора. Скорее всего, её корни ведут на Северный Кавказ, в среду тюркских народов, и особенно к балкарцам или карачаевцам. Основа «Кубакай» или «Кубакъай» — это диалектная форма тюркского имени Кубак, которое восходит к слову «къубакъ» — «светлый», «бледный», «белёсый». В тюркской антропонимике такие имена давали по цвету волос или кожи, реже — как оберег, чтобы отвести сглаз от светлоглазого ребёнка.

Суффикс «-ев» в русской передаче фамилии — стандартный патронимический формант, который прикрепился к основе при записи в метрических книгах или советских паспортах. В исконном, балкарском или карачаевском, варианте фамилия звучала бы как Кубакайланы (по модели «чей?»), а русская канцелярия «обрусела» окончание до привычного «-ев». Это типичный след XIX–начала XX века, когда горцев массово вписывали в документы по шаблону русских фамилий.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским «кубака» — «лягушка». Прозвище Кубака мог получить человек с характерной внешностью (широкий рот, выпуклые глаза) или особенностью речи. Но в ономастике Северного Кавказа такие «животные» прозвища редки в качестве основы для фамилий знатных родов, а вот «светлый» (къубакъ) встречается устойчиво, в том числе в составе сложных имён.

Если ваши предки — Кубакаевы, скорее всего, они происходят из балкарских ущелий (Чегем, Баксан, Хулам) или из Карачая. Фамилия не массовая, её носители — потомки одного рода, а не случайные однофамильцы из разных губерний. В советское время фамилия могла «уйти» с миграциями в Казахстан или Киргизию, куда депортировали балкарцев в 1944 году.