Фамилия Кубакова — женская форма, а мужская, Кубак, встречается реже и звучит непривычно. В основе лежит прозвище, и здесь есть сразу два возможных корня, причём оба ведут в разные социальные среды.

Самый прямой путь — от слова «кубак». В южнорусских и украинских говорах так называли деревянную посудину, ковш или меру сыпучих тел. Прозвище Кубак мог получить бондарь, изготовлявший такую утварь, или человек, торговавший зерном и отмерявший его кубаками. Вторая версия — от тюркского «кубак» (сосуд, кувшин) — тоже возможна, учитывая, что фамилия встречается у народов Северного Кавказа, например у балкарцев и карачаевцев. Там слово могло означать и глиняный кувшин, и прозвище мастера-гончара.

Интересная деталь: в русских писцовых книгах XVI–XVII веков фигурирует фамилия Кубаков (с суффиксом -ов), а форма Кубак — более редкая, архаичная, без патронимического суффикса. Это указывает, что в некоторых семьях прозвище закрепилось как родовое имя напрямую, без добавления -ов/-ев. Такое бывало у казаков, у крестьян северных губерний или у однодворцев.

Географически фамилия Кубакова тяготеет к двум регионам: Ростовская область и Краснодарский край (где сильно украинское и донское влияние) и Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкесия (тюркский след). Встречается она нечасто, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных ветвей, разошедшихся по разным местам.

Таким образом, фамилия Кубакова — это либо «гончарная» или «бочарная» фамилия, указывающая на ремесло предка, либо прозвище, данное по характерной черте (например, любовь к питью из большой кружки). Однозначного ответа нет, но оба варианта правдоподобны и подкреплены диалектной лексикой.