Фамилия Кучуганова — женская форма фамилии Кучуганов, а та, скорее всего, образована от прозвища или некалендарного имени Кучуган. Основа фамилии — тюркская, что указывает на её происхождение в среде народов Поволжья, Урала или Сибири (татары, башкиры, казахи, ногайцы). В тюркских языках есть слово «кучук» (щенок, детёныш) или «куч» (сила, мощь). Если исходить из первого варианта, Кучуган — это уменьшительно-ласкательная форма, означающая «маленький щенок», «детёныш». Такие прозвища в прошлом не несли оскорбительного смысла: в тюркской ономастике зооморфные имена (Барс, Аю, Бурсак) давали детям как обереги, чтобы злые духи не позарились на ребёнка. Слово «кучук» могло также означать «последний, младший ребёнок» в семье.

Вторая, менее распространённая версия связывает основу с тюркским «куч» (сила) и аффиксом -ган, который образует причастия прошедшего времени. Тогда Кучуган — «тот, кто обрёл силу» или «силач». Такая модель образования прозвищ по физическому качеству типична для кочевых народов.

Суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на то, что фамилия формировалась в русской языковой среде, скорее всего, уже после крещения или перехода рода в православие. Фамилии на -ов от тюркских корней — массовое явление в XVI–XIX веках, когда татарская и башкирская знать, а затем и простые крестьяне получали фамилии по отцу: «чей?» — Кучуганов, то есть сын Кучугана.

Географически фамилия Кучуганова встречается в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане. В дореволюционных переписях носители этой фамилии могли числиться как башкиры-вотчинники или государственные крестьяне, занимавшиеся скотоводством и земледелием. В отличие от многих искусственно созданных фамилий, Кучугановы сохраняют прямую связь с тюркским прозвищем — это не переосмысленное крестильное имя, а бытовое, народное, что делает фамилию ценной для историка или генеалога.