Фамилия Кудаяров образована от имени Кудеяр. Это имя — тюркское по происхождению, хотя его толкование неоднозначно. Наиболее вероятная версия связывает его с персидскими корнями: «худи» (бог) и «яр» (друг, возлюбленный). Получается «возлюбленный бога». Однако существовала и славянская трактовка: Кудеяр — «сильнейший из чародеев», где первая часть восходит к «кудесам» (чары, волшебство).

В русском фольклоре Кудеяр — легендарный разбойник, персонаж народных преданий, известный с XVI века. Рассказы о нем встречались от Смоленской до Саратовской губернии. Согласно легендам, он собрал ватагу и грабил богатые обозы. С его именем связаны десятки географических названий: Кудеярова крепость, гора, лес, село Кудеяровка. Особенно много таких мест в Воронежской губернии — там насчитывали до сотни «Кудеяровых городков», где якобы зарыты разбойничьи клады. В XIX веке эти клады активно разыскивали по подложным письмам и описям. Поволжские легенды помещали могилу Кудеяра под Тулой за Косой горой или в курганах Саратовской губернии.

В XVI веке имя Кудеяр было обычным на Руси. Его носили реальные исторические лица: князь Мещерский и посол Мудюринов. Исследователи связывают с Кудеяром Ивановичем Мещерским и его потомками, владевшими землями в Орловской губернии, распространенные там топонимы.

Фамилия Кудаяров образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «сын Кудеяра». Это патронимическая фамилия, закрепившаяся за потомками человека по имени Кудеяр. Встречается вариант написания с буквой «а» в первом слоге (Кудаяров), что отражает особенности произношения в некоторых говорах — аканье, когда безударное «е» переходит в «а».