Фамилия Кудаярова — женская форма мужской фамилии Кудаяров. Её основа, скорее всего, тюркская: имя Кудаяр (или Кудайяр) состоит из двух частей: «кудай» (бог, Всевышний) и «яр» (любимый, друг, близкий). В буквальном переводе — «любимец Бога» или «Божий друг». Это типичное для тюркских народов теофорное имя, то есть имя, включающее обращение к божеству. В русскую среду такие имена попадали через татар, башкир, казахов и других народов Поволжья, Приуралья и Средней Азии, особенно в XVI–XIX веках, когда шёл активный процесс христианизации, и часть носителей тюркских имён оказывалась в православном сословии.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: к основе Кудаяр добавили суффикс -ов (в мужском варианте Кудаяров), что означает «сын Кудаяра». В женской форме окончание меняется на -а. Это указывает на то, что предок носительницы фамилии носил имя Кудаяр. Интересно, что суффикс -ов здесь присоединился к имени, которое уже имело тюркское окончание на согласный, — это обычная практика: иноязычные имена русифицировались через стандартный суффикс, без дополнительных переделок.

Встречается фамилия преимущественно в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением: в Оренбургской, Челябинской, Самарской областях, в Татарстане и Башкортостане. Менее распространена в центральной России. Носители фамилии — потомки людей, которые либо крестились, приняв фамилию по отцу, либо оставались мусульманами, но попали в русскую административную систему, где фамилии фиксировались по русскому образцу.

Написание фамилии устойчиво: через «у» в первом слоге и с одной «р». Варианты вроде Кудаярова (с двойной «р») или Кудаярова (с «а» вместо «я») встречаются крайне редко и, скорее всего, являются ошибками переписи или бытового произношения. В ономастических справочниках фамилия не относится к числу самых частых, но и не является редкой: по данным открытых источников, её носят несколько тысяч человек в России и странах бывшего СССР.