Фамилия Куденко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -енко. Эта модель, означавшая «маленький» или «сын такого-то», была особенно распространена в Поднепровье и на Левобережной Украине в XVI–XVII веках. В основе фамилии лежит не полное имя, а прозвищная форма Куд, которая, в свою очередь, восходит к «охранительному» имени Кудик.

Смысл этого имени — оберег от сглаза. В славянской мифологии «куд» — это злой дух, бес. Давая ребёнку имя, напрямую связанное с нечистой силой, родители, по народным поверьям, делали его «невидимым» для настоящих бесов: считалось, что зло не тронет того, кто уже назван в его честь. Парадоксальным образом имя со значением «плохой» должно было обеспечить мальчику здоровье и красоту. Таким образом, Куденко — это буквально «сын Куда», то есть потомок человека, носившего охранительное имя Куд.

Есть и вторая, менее вероятная версия. Она связывает прозвище Куд с глаголом «кудесить» — колдовать, ворожить. В этом случае Кудом могли назвать знахаря или человека, занимавшегося магическими обрядами. Прозвище было бы не охранительным, а профессиональным.

Тюркская гипотеза, возводящая фамилию к слову «кудай» (бог), выглядит искусственной. Для её подтверждения нет убедительных лингвистических оснований: переход «кудай» → «Куд» в русской или украинской среде не объясняется правилами заимствования и не подтверждается историческими источниками. Поэтому версия славянского охранительного имени остаётся основной.