Фамилия Кудукин — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корни, стоит разобрать не столько основу, сколько суффикс, который указывает на конкретную модель образования.

Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, и указывал на принадлежность: «чей?» — Кудукин значит «сын Кудуки» или «человек из рода Кудуки». Сама основа Кудук(а) — это, скорее всего, прозвище. В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, «кудук» — это колодец, яма с водой, иногда так называли глухой, замкнутый овраг. Человек мог получить такое прозвище за то, что жил у такого места, вырыл колодец или, в переносном смысле, за необщительный, «глубокий» характер.

Вторая, не менее вероятная версия — тюркские корни. Слово «кудук» (или «кудык») в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает то же самое — «колодец». Фамилия могла возникнуть у крещёных татар, башкир или других народов Поволжья, где такие прозвища были распространены. В этом случае фамилия прошла через русскую модель оформления с суффиксами -ов/-ев или -ин. Форма Кудукин (а не Кудуков) подтверждает, что исходное прозвище оканчивалось на гласный — Кудука.

С точки зрения географии, фамилия встречается в центральных областях России, а также в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением. Это не дворянская фамилия — её носителями были крестьяне, однодворцы или мещане, получившие фамилию по уличному прозвищу. Социальный контекст прост: предок Кудукин — человек, которого в деревне знали по месту жительства или характерной черте, а фамилия закрепилась за его потомками уже в XIX веке.