Фамилия Кудуковы образована от прозвища Кудук. В русских говорах, особенно в южных и сибирских регионах, «кудук» — это колодец без сруба, просто яма с водой. Прозвище Кудук мог получить человек, который такие колодцы рыл, либо тот, кто жил рядом с таким водоёмом. Фамильная модель простая: к основе Кудук добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, получив отчество «сын Кудука». Со временем отчество закрепилось как фамилия.

Интересно, что слово «кудук» тюркского происхождения (сравните с казахским «құдық» или татарским «коек» — колодец). Поэтому прозвище могло возникнуть в зоне активных контактов славян с тюркскими народами — на южных окраинах Руси, в Поволжье или в Сибири. Носитель фамилии мог быть не только землекопом, но и переселенцем, который запомнился окружающим по характерному «кудуку» на его участке.

Фамилия Кудуков — не самая частая, но встречается в документах с XVII века. В переписных книгах можно найти крестьян и служилых людей с этой фамилией, что говорит о её бытовании в разных сословиях. Суффикс -ов указывает на великорусскую среду, а не на украинскую или белорусскую (там была бы форма Кудук-енко или Кудук-евич). Спорных версий происхождения фамилии нет: тюркский корень и русская модель образования очевидны.