Фамилия Кудюкова происходит от прозвища Кудюк. В основе лежит тюркское слово, которое в караимском языке означает «колодец». Так могли назвать человека, жившего рядом с колодцем или занимавшегося их рытьём. Это одна из версий, и она наиболее прямая: прозвище давали по характерному признаку места жительства или роду занятий.

Словообразовательная модель проста: к основе Кудюк добавили суффикс -ов, а затем родовое окончание -а, указывающее на принадлежность женщине (Кудюкова — «дочь или жена Кудюка»). Фамилия относится к распространённому типу древнейших восточных фамилий, которые закрепились на Руси через тюркские прозвища. Такие фамилии нередко встречаются в южнорусских и поволжских регионах, где исторически было сильное тюркское влияние.

Менее вероятно, но возможно, что прозвище Кудюк могло быть связано с диалектным словом «кудюк» — так в некоторых говорах называли мешок или котомку. В этом случае прозвище относилось бы к человеку, носившему с собой мешок, возможно, страннику или торговцу. Однако караимская версия выглядит убедительнее, так как объясняет фамилию через конкретный и устойчивый образ — колодец, источник воды.

Фамилия Кудюкова — редкая, её носители встречаются в основном в центральной России и в регионах с историческим присутствием тюркских народов. Сословная принадлежность предков не установлена: прозвище могло закрепиться и за крестьянином, и за ремесленником. В любом случае, фамилия хранит память о бытовой детали, которая была важна для повседневной жизни — о колодце, воде и труде.