Фамилия Кудюшин образована от прозвища или нецерковного имени Кудюш. В её основе лежит диалектное слово «кудюш» или «кудюха», которое в северных и сибирских говорах означало «колдун», «знахарь», «ворожей». Человек, получивший такое прозвище, мог заниматься народным врачеванием, заговаривать болезни или, по поверьям, обладать магическими способностями. В отличие от нейтральных и частых профессиональных прозвищ (Кузнец, Мельник), Кудюш несло оттенок таинственности и даже опасности — колдунов в деревне побаивались, но при необходимости обращались за помощью.

Слово «кудюш» родственно диалектному «кудесить» — колдовать, ворожить. В некоторых регионах «кудюхой» называли также неопрятную или взлохмаченную женщину, но это значение, скорее всего, вторичное — отсылка к растрёпанному виду, который в народном сознании связывали с ведьмами. Поэтому основная версия происхождения фамилии — от прозвища знахаря.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кудюшин — сын Кудюша. Такая модель типична для фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный или -а/-я. Фамилия довольно редкая, её можно встретить в основном в центральных и северных областях России, а также в Поволжье. В переписных книгах XVII века встречаются носители фамилии Кудюшины среди крестьян и посадских людей, что подтверждает её древнее, дофамильное происхождение от бытового прозвища.