Фамилия Куфарин — редкий пример, где прозрачная на первый взгляд форма скрывает неочевидную основу. На слух она воспринимается как типичная русская фамилия с суффиксом -ин, который в русской модели указывает на принадлежность: «чей?» — Куфарин, то есть сын или потомок Куфаря. Но вот с самим прозвищем Куфарь всё не так просто.

Самый вероятный корень — тюркский. В ряде тюркских языков «куфар» или близкие формы означают «неверный», «безбожник» (от арабского «кафир»). В русских говорах это слово могло закрепиться как прозвище для человека иной веры — татарина, башкира или выходца с Востока, принявшего православие. Такие прозвища были распространены в пограничных зонах, особенно в южнорусских и поволжских землях, где шло активное смешение народов. Фамилия могла закрепиться за крещёным татарином или за русским, получившим такое прозвище за связь с иноверцами.

Вторая, менее вероятная версия, отсылает к диалектному слову «куфарь» — так в некоторых областях называли сундук, короб или ларец (от немецкого Koffer через польское kuferek). В этом случае прозвище Куфарь мог получить мастер, делавший сундуки, или человек, торговавший ими. Но эта версия слабее: слово «куфар» в значении «сундук» фиксируется в основном в западных говорах, а суффикс -ин для таких профессиональных прозвищ в тех краях менее характерен — там чаще встречались фамилии на -ук, -юк.

Фамилия Куфарин встречается крайне редко, её очаги — в центральной России, единичные записи есть в Тамбовской и Рязанской областях, что косвенно подтверждает тюркскую версию: именно через эти земли проходили границы расселения татарской знати и служилых людей. В дореволюционных списках фамилия почти не фигурирует, что говорит о её позднем закреплении или малом числе носителей.