Фамилия Куфарова — женская форма от Куфаров, и её разговорное звучание может ввести в заблуждение. На слух она почти сливается с более привычной Кухарева, но корень здесь другой, искать «петуха» (кухаря) не стоит. Основа фамилии — мужское прозвище Куфарь, а оно, скорее всего, связано со словом «куфа» — так в южных и западных русских говорах, а также в украинском и белорусском языках называли большую кадку, чан для солений, кваса или хранения зерна. Мастер, делавший такие кадки, — бондарь, но прозвище Куфарь мог получить и владелец солидной куфы, и человек плотной, «бочковатой» фигуры.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -арь указывает на деятеля или носителя признака (ср. писарь, звонарь, пекарь). Прозвище Куфарь легко перешло в фамилию Куфаров через стандартный патронимический суффикс -ов, означающий «сын Куфаря». Географически фамилия тяготеет к регионам, где слово «куфа» было в ходу: это южнорусские области (Курская, Воронежская, Ростовская), а также Украина и Белоруссия. Встречаются варианты написания с одной «ф» (Куфаров) или с ударением на первый слог, но исходное прозвище почти наверняка звучало как Куфарь, с ударением на «а».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем «куф» — «пузырь, надутый предмет» или с арабским «куфф» — «ладонь», но для русской фамилии эти варианты слабы: нет ни географической, ни исторической подоплёки, которая бы их подтверждала. Филолог Б. Унбегаун в своём труде о русских фамилиях не выделяет Куфарова в отдельную статью, но модель с суффиксом -арь описывает как типично прозвищную, характерную для ремесленного и крестьянского сословия. Так что предки Куфаровых — не обязательно бондари, но точно люди, которых в быту окликали по заметной детали: бочке, кадке или крепкому телосложению.