Фамилия Кукакшева — один из тех редких случаев, когда попытка разобрать её по стандартной модели «имя + суффикс» наталкивается на глухую стену. Сразу скажем: это не фамилия от крестильного имени вроде Ивана или Петра. Её основа — Кукакш — звучит не по-славянски, и, скорее всего, перед нами тюркское или финно-угорское наследие Поволжья и Приуралья.

Самый вероятный путь — от прозвища или имени Кукакш, которое могло сложиться из двух частей. Первая часть «кук» в тюркских языках означает «синий», «небесный», а также «святой» (ср. татарское «күк»). Вторая часть «акш» или «аш» — «белый», «светлый». В таком случае Кукакш — это «сине-белый», то есть человек со светлыми глазами или седой бородой, либо метафорическое прозвище вроде «ясный сокол». Есть и более прозаичная версия: в марийском языке «кукшо» — «сухой», а «кукшо какш» — «сухая ветка». Прозвище могли дать худощавому, жилистому человеку.

Суффикс «-ева» указывает на принадлежность: Кукакшева — дочь или жена Кукакша. Модель образования типично русская, но основа — явно заимствованная. Географически фамилия привязана к зоне активных контактов русских с татарами, марийцами и чувашами: это Татарстан, Марий Эл, Кировская и Нижегородская области. В дореволюционных переписях Кукакшевы — это, как правило, государственные крестьяне, а не дворяне. Никакой связи с «кукарекать» или птицами здесь нет, это ложная народная этимология.

В написании фамилии встречаются варианты Кукакшов и Кукакшев — путаница из-за того, что в устной речи окончание «-ев» и «-ов» звучат почти одинаково. Но форма на «-ева» (женский род) чётко указывает на исходное Кукакшев. Сегодня фамилия остаётся редкой: по разрозненным данным, в России её носят не более нескольких сотен человек, в основном в Приволжском федеральном округе.