Фамилия Кухтенко — редкий пример украинской фамилии, образованной от древнего новгородского прозвища. В её основе лежит слово «кухта», которое в северных русских говорах означало «косматый иней на деревьях». Так могли прозвать ребёнка, родившегося в особенно морозный зимний день, когда деревья стоят в пушистом инее.

Вторая версия связывает прозвище с глаголом «кухтаться», то есть кутаться, одеваться слишком тепло. В этом случае Кухтой называли человека, который постоянно мёрз и кутался в одежду. Эта гипотеза подкрепляется тем, что глагол зафиксирован именно в новгородских говорах, а само прозвище Кухта встречается в исторических документах уже в XVI веке.

Фамилия Кухтенко построена по типичной украинской модели с суффиксом -енко. В XVI–XVII веках этот суффикс был основным способом образования фамилий на территории современной Украины и обозначал «маленького», «сына» или «потомка»: Кухтенко — сын Кухты, потомок Кухты. Такая модель закрепилась в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины, Слобожанщины и Полтавщины.

Изначально прозвище Кухта, присоединённое к личному имени, со временем полностью заменило его и в быту, и в официальных документах. Сочетание северного по происхождению прозвища с типично украинским суффиксом делает фамилию Кухтенко интересным свидетельством миграционных процессов: носитель прозвища или его потомки переселились из новгородских земель на юг, где фамилия оформилась уже по местной модели.