Фамилия Кухтин — типичная русская фамилия, построенная по модели «прозвище + суффикс -ин». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кухтин буквально значит «сын Кухты» или «человек из рода Кухты». В основе лежит прозвище Кухта, и здесь есть две основные версии его происхождения, обе связаны с холодом.

Первая версия отсылает к слову «кухта» — так в русских говорах называли косматый иней, который оседает на деревьях зимой. Прозвище Кухта могли дать ребёнку, родившемуся в морозный день, когда всё вокруг покрыто пушистым инеем. Это объяснение красивое и образное, но историки фамилий чаще склоняются ко второй версии.

Вторая версия — от новгородского глагола «кухтаться», то есть кутаться, укутываться во множество одежд. В этом случае Кухтой прозвали человека, который постоянно мёрз, зябнул и кутался в тёплые вещи даже в не самую суровую погоду. Прозвище, данное за характерную привычку или особенность, — один из самых частых источников русских фамилий.

Прозвище Кухта известно по документам с XVI века, что подтверждает его древность. Фамилия Кухтин встречается преимущественно в северных и северо-западных областях России — в Новгородской, Вологодской, Архангельской губерниях, что хорошо согласуется с новгородским происхождением глагола «кухтаться». Таким образом, предки Кухтиных, скорее всего, жили на Русском Севере, где долгие зимы и морозы делали прозвище, связанное с холодом, особенно уместным.