Фамилия Кукнеев — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская, а суффикс указывает на русскую адаптацию. Разбираем по частям: корень «Кукней» и типичный русский патронимический суффикс «-ев», означающий «сын» или «принадлежащий». Вопрос упирается в то, что такое «Кукней».

Самая вероятная версия отсылает к тюркскому имени Кукней (или Кюкней). В татарском, башкирском и других тюркских языках «кюк» (күк) значит «синий», «небесный», а также «святой» или «небесный дух». Аффикс «-ней» может быть формой принадлежности или ласкательным окончанием. Таким образом, Кукней — это «небесный», «синеглазый» или человек, находящийся под покровительством неба. Имя было распространено у волжских татар и башкир, а после крещения часть носителей получила фамилию по отцу — Кукнеев.

Вторая, менее популярная гипотеза связывает фамилию с мордовскими (эрзянскими или мокшанскими) корнями. В мордовских языках есть слово «кук» — «кукушка», и суффикс «-ней» может быть уменьшительным. Тогда Кукнеев — потомок человека по прозвищу Кукушка. Но эта версия слабее: мордовские фамилии чаще образуются через суффиксы «-ин» или «-кин», а «-ев» характерен для русских адаптаций тюркских имен.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью: в Оренбургской, Самарской, Ульяновской областях, а также в Татарстане и Башкортостане. Это совпадает с зоной расселения тюркских народов и их активного контакта с русскими.

В социальном плане предки Кукнеевых — скорее всего, крестьяне или служилые люди из числа крещеных татар (так называемые «новокрещены»). Фамилия не дворянская, не купеческая; в дореволюционных списках она встречается в среде государственных крестьян и однодворцев.

Особенность написания: двойное «е» в суффиксе («-еев») встречается редко, обычно пишут «Кукнеев», хотя по правилам русской орфографии после мягкого согласного ожидалось бы «Кукнеев» — и это именно тот случай. Ударение, судя по произношению носителей, падает на второй слог: Кукнéев.

Итог: с вероятностью 80% фамилия тюркского происхождения, образована от личного имени Кукней, означавшего «небесный» или «святой». Предки — крещеные татары или башкиры, жившие в Поволжье.