Фамилия Кукнина — женская форма фамилии Кукнин, и её разбор стоит начать именно с мужского варианта, потому что модель образования здесь стандартная: от основы Кукн- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Кукнин, то есть сын или потомок Кукни). В русской ономастике суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный, и Кукнин — типичный случай.

Основа Кукн- — это усечённая или диалектная форма от имени Кукна. В русских говорах «кукна» могло означать нечто сжатое, сморщенное, маленькое, но чаще всего это прозвище связывают со словом «кукла». В северных и центральных губерниях «кукна» называли не только игрушку, но и неловкого, неуклюжего человека, а также — в ряде мест — куклу-оберег или свёрток. Прозвище Кукна давали либо ребёнку с кукольным лицом, либо человеку медлительному или неопрятному.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским или финно-угорским корнем, где «кук» означает «синий» или «голубой», а «на» — суффикс. Однако в центральной России, где фамилия Кукнина встречается чаще всего (Владимирская, Нижегородская, Костромская области), преобладает славянская этимология, и тюркское влияние маловероятно.

По социальному происхождению Кукнины — типичная крестьянская или посадская фамилия, не дворянская. Суффикс -ин в таких фамилиях нередко указывает на то, что предок был известен в общине под прозвищем, а не по отцу, что косвенно говорит о невысоком сословном статусе. В документах XVIII–XIX веков Кукнины фиксируются как государственные крестьяне и мещане, реже — как купцы.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Куклин, Куклев, Куксов — показывает, что все они образованы от разных форм одного корня: Куклин — от Кукля (уменьшительное), Куклев — от Куклий, а Кукнин — от Кукна. В этом ряду Кукнина — самая редкая, что делает её особенно интересной: носители такой фамилии, скорее всего, происходят из одной узкой локальной группы, где прозвище Кукна закрепилось за конкретным родом.