Фамилия Кукунина образована от прозвища или нецерковного имени Кукуня. В русских говорах слово «кукуня» имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них легло в основу фамилии, нужно присмотреться к суффиксу и географии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кукунин — «сын Кукуни» или «человек из семьи Кукуни». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. Основа Кукуня — это уменьшительно-ласкательная форма, которая могла возникнуть от «кукушка» (птица) или от глагола «куковать» в переносном смысле — «горевать, тосковать, жить бобылём». В некоторых диалектах «кукуня» означало также «замкнутый, нелюдимый человек» или «плакса».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Куприян (разговорное Куприя, Купря, Кукуня). Однако фамилии от Куприяна чаще дают формы Куприянов, Куприн, а Кукунин — более редкий случай, и если бы это был основной путь, мы бы видели больше однокоренных фамилий с тем же корнем. Поэтому прозвищная версия выглядит убедительнее.

Встречается фамилия Кукунина в основном в Поволжье и на Урале — в архивных записях XIX века носители зафиксированы в Вятской и Пермской губерниях. Это согласуется с тем, что прозвища, связанные с птицами и их повадками, были часты в крестьянской среде: Кукушка, Воробей, Сокол — все они давали начало фамилиям. Кукуня, скорее всего, досталась человеку за характер — молчаливому или, наоборот, жалобному, тоскующему.

В современном написании фамилия Кукунина сохраняет женскую форму (Кукунина — жена или дочь Кукунина), а мужской вариант — Кукунин. Редкость фамилии (по разным данным, в России её носят не более нескольких сотен человек) делает её ярким маркером семейной истории, уходящей корнями в северорусские говоры и крестьянский быт.