Фамилия Кукунова — женская форма фамилии Кукунов, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кукунов — это «сын или потомок Кукуна». Основа «Кукун» в русских говорах могла иметь несколько значений, и здесь есть простор для версий.

Самая прямая и бытовая версия — от слова «кукун» как названия птицы. В ряде диалектов (особенно в южнорусских и сибирских) кукуном могли называть кукушку, а иногда и кулика. Прозвище Кукун мог получить человек, чем-то напоминавший эту птицу: например, своим голосом, привычкой куковать (то есть повторять одно и то же) или даже внешностью — считалось, что у кукушки характерная окраска. Такие прозвища по птицам были распространены на Руси: Сокол, Воробей, Сорока.

Вторая, менее очевидная, но заслуживающая внимания версия — связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском «күк» — «небо, синий», а «кукун» могло быть производным со значением «небесный» или «голубоватый». В Поволжье и Приуралье, где русские фамилии часто возникали на стыке с тюркскими культурами, такое заимствование не редкость. Если предки Кукуновых жили в этих краях, прозвище могло относиться к цвету глаз или одежды.

Географически фамилия Кукунова встречается в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Ивановской, Вологодской губерниях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли её с собой. Это не редкая, но и не массовая фамилия: по данным переписей, в XIX веке она фиксировалась в основном среди крестьян и мещан. Сословного барьера не было — прозвище могло закрепиться за любым человеком, от крепостного до священника, но дворянских родов с такой фамилией не известно.

Интересно, что фамилия Кукунов не имеет прямого отношения к глаголу «куковать» в переносном смысле (жить в одиночестве) — это более позднее осмысление. Первоначальное значение, скорее всего, было именно зоологическим или диалектным. Так что предки носителей фамилии могли быть людьми, которых в деревне прозвали за голос, привычку или даже за цвет волос, и это прозвище перешло в фамилию через поколения.