Фамилия Кукунин образована от имени или прозвища Кукуня, которое, в свою очередь, восходит к слову «кукушка». Это типичная «птичья» фамилия, каких в русском ономастиконе немало: Соколов, Воробьёв, Соловьёв. Однако суффикс -ин указывает на то, что в основе лежит слово, оканчивающееся на -а или -я. Кукуня — это не просто птица, а ласковое, уменьшительное обращение, которое могло закрепиться за человеком.

Разбирая возможные мотивы такого прозвища, стоит учесть народные представления о кукушке. В славянской традиции эта птица — двойственный символ. С одной стороны, с ней связывали предсказание будущего (сколько лет осталось жить, когда выйдешь замуж). Родители могли наречь ребёнка Кукуней, чтобы та покровительствовала ему и передала часть своих «вещих» качеств. С другой стороны, кукушка — известный символ материнской печали и одиночества, поскольку она не вьёт своего гнезда и подкидывает яйца другим птицам. Поэтому прозвище Кукуня могли дать вдове или женщине, оставившей детей, — это вторая, более мрачная версия происхождения фамилии.

Примечательно, что фамилия Кукунин — не единственная в своём роде. Существуют однокоренные фамилии Кукушкин, Кукуев, Кукунов. Форма на -ин (Кукунин) говорит о том, что прозвище Кукуня было широко распространено именно в северных и центральных говорах, где суффикс -ин преобладает над -ов. В южнорусских регионах скорее появился бы вариант Кукунов.

Точное место и время возникновения фамилии Кукунин установить сложно: процесс формирования русских фамилий шёл несколько столетий. Однако ясно, что это не книжная, а живая, народная фамилия, которая родилась из прозвища, данного по характерной черте, поведению или обстоятельствам жизни конкретного человека.