Фамилия Кукунов звучит на слух необычно, но её происхождение лежит в понятной и даже немного забавной области русских прозвищ. В основе фамилии лежит слово «кукун» или «кукуня». В разных русских говорах так могли называть человека по двум основным причинам. Первая — по сходству с птицей кукушкой: неразговорчивого, угрюмого или, наоборот, назойливо повторяющего одно и то же человека. Вторая версия связывает прозвище с диалектным глаголом «кукуть» — кутать, укутывать. В этом случае «кукуном» могли прозвать зябкого человека, который постоянно кутается в одежду, или, наоборот, того, кто любил тепло одевать детей.

Модель образования фамилии стандартна для центральной России: к основе «Кукун» добавили патронимический суффикс -ов. Фамилия Кукунов буквально означает «сын Кукуна» или «принадлежащий Кукуну». Это типичная «отпрозвищная» фамилия, закрепившаяся за крестьянами и посадскими людьми в XVII–XIX веках. Интересно, что у фамилии есть редкая особенность: она могла возникнуть не только от прозвища, но и от нецерковного имени-оберега Кукун. В дохристианской традиции детям иногда давали «птичьи» имена (Сокол, Воробей, Кукушка), чтобы отвести злых духов — считалось, что такое имя сделает ребёнка незаметным для нечистой силы.

В отличие от распространённых фамилий вроде Кукушкин или Кукуев, фамилия Кукунов встречается заметно реже. Географически её чаще фиксируют в южнорусских и поволжских областях — в Воронежской, Тамбовской, Саратовской губерниях, а также в некоторых районах Сибири, куда переселились крестьяне в XIX веке. Сословный состав носителей был почти исключительно крестьянским, что типично для фамилий с суффиксом -ов, образованных от прозвищ, а не от церковных имён.

Словообразовательный разбор показывает: корень «кукун-», суффикс «-ов». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Куку́нов, хотя в некоторых говорах возможно ударение на первый слог. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кукунов стоит в одном ряду с Кукушкин, Кукуев, Кукуй, но отличается от них именно суффиксом -ов, который указывает на конкретное прозвище предка, а не на принадлежность к роду Кукуевых.