Фамилия Куксарев — один из тех редких случаев, когда корень слова почти наверняка указывает на конкретное ремесло или прозвище, а не на крестильное имя. Основа «кукс-» в русских говорах имела несколько значений, и все они связаны с чем-то неполным, ущербным или грубым. Самое прямое и вероятное — «кукса» или «куксин», то есть человек без пальцев или с покалеченной рукой. В старину такое прозвище давали не в насмешку, а по внешнему признаку — так же, как Безрукову или Косому. В некоторых диалектах «куксой» называли и неуклюжего, неловкого человека, что тоже укладывается в эту смысловую линию.

Модель образования простая и прозрачная: прозвище Куксарь (с суффиксом деятеля -арь, как у Гусаря или Пахаря) плюс типичный русский патронимический суффикс -ев. Получается «сын Куксаря». Такая форма — Куксарь, а не Кукса — встречается реже, поэтому фамилия сохранила свою узнаваемость и не смешалась с более частыми Куксиными или Куксовыми. В ономастических справочниках эта фамилия не относится к числу широко распространённых, её географические очаги — северные и центральные регионы России, где диалектная лексика дольше сохраняла архаичные формы.

Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «кукса» означала не только культю, но и глиняную или деревянную посуду — например, миску или ковш. Если прозвище Куксарь дали гончару или резчику по дереву, то фамилия становится профессиональной, а не анатомической. Однако эта гипотеза слабее, поскольку слово «кукса» в значении «посуда» локально и быстро вытеснялось общерусскими названиями. Скорее всего, предки Куксаревых были людьми с заметной физической особенностью, и прозвище закрепилось за родом именно по этому признаку.

Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на -ь. В данном случае это след от редуцированного гласного в древнерусской форме «Куксарь». Такая деталь помогает отличить фамилию от более поздних образований и говорит о её довольно раннем оформлении — вероятно, не позднее XVII века. В крестьянской среде прозвища такого типа передавались по наследству без изменений, и только при переписях их фиксировали в официальных документах уже как фамилии.