Фамилия Куксилова — женская форма фамилии Куксилов, которая в свою очередь образована от прозвища Куксила. В основе этого прозвища, скорее всего, лежит глагол «кукситься» — хмуриться, быть в плохом настроении, плакать. Так могли назвать капризного, плаксивого или угрюмого человека. В русских говорах слово «кукса» имело и другие значения: «плакса», «неряха», а также «кулак» (отсюда «куксить» — бить кулаком). Поэтому нельзя исключать, что прозвище могло относиться к человеку драчливому или, наоборот, к тому, кто постоянно ходит с кулаками в карманах, то есть скуповатому.

Суффикс -ил- в основе Куксила — редкий и характерный для старых русских прозвищ, образованных от глаголов (сравните: «зубрила», «зудила»). Он придаёт прозвищу активный, «действующий» оттенок: Куксила — тот, кто постоянно куксится. Фамилии на -ов/-ев, как Куксилов, типичны для центральной России и Поволжья. Они отвечали на вопрос «чей?» и первоначально означали принадлежность к отцу: сын Куксилы.

Встречается и более редкая версия, связывающая фамилию с неканоническим именем Кукса, которое могло быть охранительным — чтобы ребёнок не был плаксивым, его нарочно так называли. В старину подобные «отрицательные» имена (Некрас, Нелюб, Кукса) давали для защиты от сглаза. Однако в случае с Куксиловым более вероятно, что фамилия пошла от устойчивого прозвища, закрепившегося за конкретным человеком по его характеру.

Фамилия не относится к числу аристократических или дворянских. Носители Куксиловых — в основном крестьяне и мещане, что подтверждается данными переписей XIX века. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных губерниях России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где диалектное слово «кукса» было в ходу. Таким образом, предки современных Куксиловых — скорее всего, люди с заметным, «говорящим» прозвищем, которое ярко описывало их нрав или поведение.