Фамилия Куксинова образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность к кому-то. В основе лежит мужское прозвище или нецерковное имя Кукса. Суффикс -ин, в отличие от -ов, обычно присоединяли к основам на -а или -я, поэтому фамилия Куксин (и её женская форма Куксинова) строится от Кукса, а не от Кукс.

Значение прозвища Кукса неоднозначно, и тут стоит разобрать две основные версии. Первая, самая прямая: в русских говорах, особенно северных и сибирских, «кукса» — это плакса, капризный или обидчивый человек. Слово живёт в языке до сих пор, в детской речи «кукситься» означает хныкать. Прозвище могли дать ребёнку или взрослому с таким характером. Вторая версия, менее очевидная, но тоже обоснованная: «кукса» — диалектное название кисти руки, кулака (сравните с «кукиш»). В этом случае прозвище мог получить человек с сильными руками, либо, наоборот, тот, кто лишился кисти. В пользу первой версии говорит широкая употребительность глагола «кукситься» в литературном языке, тогда как значение «кисть руки» осталось в узких говорах.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия относится к типичным русским «патронимическим» фамилиям, то есть буквально означала «чей?» — сын или дочь Куксы. Интересно, что в некоторых регионах, например в Вологодской и Архангельской губерниях, фамилия Куксин встречается чаще, что косвенно подтверждает северное происхождение прозвища. Встречаются и однокоренные варианты — Куксов, Куксинский, но Куксинова — одна из самых устойчивых форм.

Сословная принадлежность носителей фамилии, как и у большинства русских фамилий на -ин, могла быть разной. В документах XVII–XVIII веков крестьяне и посадские люди с такой фамилией фиксируются в переписных книгах, но встречаются и дворянские роды Куксиных, правда, немногочисленные. Прямых указаний на конкретное ремесло или занятие предка по фамилии нет — прозвище было личной характеристикой, а не профессиональной. Таким образом, Куксинова — это фамилия-характеристика, скорее всего, данная за особенности поведения, и её корень уходит в живую народную речь.