Фамилия Куксины образована от личного прозвища Кукса. В русских говорах у этого слова несколько значений, и каждое могло стать основой для прозвища. Самое распространенное — «калека», человек без пальцев на руке: кукса — это искалеченная, укороченная кисть или культя. В этом случае прозвище указывало на физическую особенность. Однако куксой называли и кулак, отсюда второе значение — удар кулаком. Человек, который часто лез в драку, мог получить прозвище Кукса за буйный нрав. Наконец, в некоторых диалектах кукса — это плакса, капризный или угрюмый человек, и прозвище могло отражать характер.

Какая из версий верна для конкретной семьи, сказать сложно — прозвища часто давались по самой заметной черте. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кукс- добавили суффикс -ин, означающий «чей?» — Куксин, то есть «сын Куксы». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XV–XVII веках.

Примечательно, что фамилия не слишком распространена и встречается в основном в центральных и северных регионах России. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» упоминается основа Кукс- как характерная для прозвищ, связанных с физическими недостатками или особенностями поведения. Таким образом, фамилия Куксины — не просто наследственное имя, а отражение языка и быта, где прозвище могло закрепиться за родом на века.