Фамилия Куксовы (в мужском роде — Куксов) образована по стандартной русской модели от личного прозвища Кукс. Это типичная «отпрозвищная» фамилия, где суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Кукса» или «из семьи Кукса». Процесс её закрепления шёл в XV–XVII веках, когда прозвища постепенно становились наследственными родовыми именами.

Смысловое ядро фамилии — прозвище Кукс — многозначно, и каждая версия по-своему рисует характер или внешность предка. В северных и центральных русских говорах куксом называли человека, лишившегося пальцев на руке, то есть калеку. Однако в тех же диалектах слово «кукс» означало и кулак, и удар кулаком; отсюда прозвище мог получить задира, драчун или скандалист, который часто пускал в ход кулаки. Третья, менее очевидная ветвь связывает прозвище с глаголом «кукситься»: так могли назвать плаксу, угрюмого или капризного человека. Какая из версий верна для конкретной ветви Куксовых — сказать трудно, но все они укладываются в народную традицию давать прозвища по заметной черте поведения или внешности.

География фамилии широка, но без выраженного «гнезда»: Куксовы встречаются в Тверской, Ярославской, Вологодской областях, а также в Сибири, куда фамилия попала с переселенцами. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется и в крестьянской, и в мещанской среде, что говорит о её демократичном происхождении.

Словообразовательно фамилия прозрачна: основа Кукс- плюс патронимический суффикс -ов. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, но сама основа — редкая, не от крестильного имени, а от живого диалектного слова. Родственные фамилии — Куксин, Куксовский, Куксенко — встречаются реже и указывают на разные региональные варианты оформления того же прозвища.