Скорее всего, Кукузей — это фонетический вариант более распространенной украино-тюркской фамилии Кокозей. Она образована от прозвища, которое восходит к слову «кокоз» - «голубоглазый» (от тюркского или карачаево-балкарского слова «кёккёз» - «синеглазый»). Очевидно, это прозвище получил человек с голубыми или синими глазами. Однако не исключено, что позднее на базе этого прозвища возникло имя Кокоз, которое могли давать не только голубоглазым детям. Данная фамилия особенно широко распространена в Крыму. Фамилии, этимологизируемые на основе тюркских языков, указывают на глубокую языковую интеграцию крымчаков в тюркской языковой среде.