Фамилия Кукузей — это, скорее всего, фонетический вариант более распространённой украино-тюркской фамилии Кокозей. Если разобрать её по косточкам, основой служит прозвище, которое восходит к тюркскому или карачаево-балкарскому слову «кёккёз» — «синеглазый», а также к его варианту «кокоз» — «голубоглазый». Значит, предок получил такое прозвище из-за цвета глаз: голубых или синих, что для южных регионов, где тёмные глаза встречались чаще, было заметной отличительной чертой.

Не исключено, что позже прозвище превратилось в личное имя Кокоз, которое могли давать уже не только по внешнему признаку. В таком случае фамилия Кукузей закрепилась за потомками человека по имени Кокоз, а замена гласных «о» на «у» — типичное явление для живой речи, когда слово приспосабливается к привычному произношению. Суффикс -ей в фамилии указывает на украинскую или белорусскую модель образования, где он выполняет ту же роль, что и -ов/-ев в русских фамилиях.

Особенно широко фамилия Кукузей и её варианты распространены в Крыму. Это не случайно: регион веками был зоной активного контакта славянских и тюркских языков. Фамилии, которые этимологизируются на основе тюркских корней, показывают, насколько глубокой была языковая интеграция — например, среди крымчаков, чьи фамилии нередко несут следы караимского, крымскотатарского или османского влияния.