Фамилия Кукуева образована от прозвища Кукуй. Его происхождение связано с глаголом «куковать», который в народной речи означал «жить бедно, одиноко, коротать век без перемен». Скорее всего, прозвище закрепилось за человеком, который вёл небогатую, размеренную жизнь, без ярких событий и резких поворотов судьбы. Менее вероятна связь с диалектным значением того же глагола — «ласкаться, миловаться»: такое толкование встречается реже и хуже объясняет логику прозвища.

Однако есть и другая версия, более конкретная. В некоторых русских говорах слово «кукуй» (или «кокей») обозначало день Ивана Купалы — языческий праздник, который церковь пыталась переосмыслить. Ребёнка, родившегося в эту дату, могли прозвать Кукуем по названию праздника. Эта гипотеза правдоподобна, поскольку в XVI–XVII веках именования по календарным событиям были распространены, а фамилия действительно фиксируется в документах той эпохи. Первое известное упоминание — Кукуев Ульян, крестьянин, 1564 год, Олонец (территория современной Карелии). Это ранний письменный след, который подтверждает, что прозвище бытовало на Русском Севере уже в XVI столетии.

Сама фамилия имеет стандартную словообразовательную модель: к основе «Кукуй» прибавлен суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Кукуев). Окончание -а в современном написании — женская форма, но исторически фамилия склонялась по падежам и роду. В мужском варианте она звучит как Кукуев. Таким образом, Кукуева — это потомок человека по прозвищу Кукуй, независимо от того, получил ли он его за одинокую жизнь или по дате рождения.