Фамилия Кулакин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кулакин, то есть сын или потомок Кулаки. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Кулака. В древнерусском языке «кулака» — не только сжатая кисть руки, но и скупой, жадный человек, а также, в некоторых говорах, удалец, задира или, наоборот, ловкий торговец-перекупщик. Вероятнее всего, прозвище давали по характеру или поведению: либо за скупость, либо за драчливость и бойкость.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с уменьшительной формой имени Акинф (от греческого «гиацинт»). В просторечии Акинф превращался в Кукин, Кука, а от Куки с суффиксом -лак могло возникнуть Кулака. Однако эта цепочка слишком длинная и менее вероятна, чем прямая связь с нарицательным словом «кулак». В пользу прозвищного происхождения говорит и то, что фамилии на -ин обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а, -я, а «Кулака» как раз подходит под эту модель.

Встречается фамилия Кулакин преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. Это косвенно подтверждает связь с прозвищем: в этих краях слово «кулак» в значении «скупой» было в ходу. Среди однокоренных фамилий — Кулаков (самая частая), Кулагин, Кулаженков. Кулакин отличается от них именно суффиксом -ин, который подчёркивает, что прозвище родоначальника звучало как Кулака, а не Кулак.

Сведений о дворянском происхождении фамилии нет. В подавляющем большинстве случаев Кулакины — это крестьяне или мещане. Фамилия нередкая, но и не сверхраспространённая: в списках ста русских фамилий она не фигурирует. Встречается также в украинском и белорусском вариантах, где ударение может падать на последний слог — Кулакін.