Фамилия Кулижонкова — женская форма мужской фамилии Кулижонков, которая образована по довольно редкой словообразовательной модели. В русских фамилиях чаще встречаются суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский, а здесь мы видим суффикс -онк- (в мужском роде — Кулижонков). Этот суффикс характерен для украинских и южнорусских фамилий, где он указывает на уменьшительность или принадлежность к роду: например, Гриценко, Шевченко. В русском варианте -онков — это адаптация украинского -енко под русское окончание -ов. То есть Кулижонков буквально значит «сын Кулижонка», а Кулижонок — это уменьшительное от прозвища Кулига.

Основа фамилии — слово «кулига». В русских говорах у него несколько значений, и все они связаны с землёй и крестьянским бытом. Самое распространённое — это расчищенный от леса участок земли под пашню или покос, а также лесная поляна или прогалина. В северных и центральных губерниях России кулигой называли также дальнюю, глухую пашню в лесу. Человек мог получить прозвище Кулига, если жил на таком отшибе, обрабатывал кулигу или владел ею. Менее вероятные, но возможные варианты: кулигой в некоторых местах называли вид водяного растения (осоку или камыш), а также «кулига» — это диалектное название небольшой копны сена или стога.

Таким образом, предок современных Кулижонковых, скорее всего, был крестьянином, который жил на отдалённом лесном участке или расчищал землю под пашню. Фамилия несёт в себе черты аграрного уклада и привязана к конкретному ландшафту. Она не относится к числу массовых, её носители встречаются в основном в центральной России и Поволжье, что подтверждает её диалектное происхождение. В написании Кулижонкова сохранился след украинского влияния на русскую фамильную систему, что делает её любопытным примером межъязыкового контакта в ономастике.